Program Studi (Prodi) Program Magister Pendidikan Agama Islam (PAI) dengan Konsentrasi Studi Pesantren Pascasarjana AlQolam Malang diajukan pada tahun 2018 ke Direktorat Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia (Diktis Kemenag).
Pada tanggal 6 November 2019 turun Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) nomor 59/SK/BAN-PT/Min-Akred/XI/2019 tentang pemenuhan persyaratan Minimum Akreditasi Prgram Studi pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam, yang kemudian tanggal 23 Desember 2019 disusul penerbitan Surat Keputusan Menteri Agama nomor 1160 tahun 2019 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Program Magister Pendidikan Agama Islam pada Institut Agama Islam Al-Qolam Gondanglegi Malang.
Program Studi Pendidikan Agama Islam (MPAI) Pascasarjana Al-Qolam Malang mendapatkan peringkat BAIK pada Akreditasi Badan Akreditasi Nasional (BAN-PT) setelah pengusulan akreditasi diterima melalui aplikasi SAPTO BAN-PT dengan terbitnya Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional nomor 14097/SK/BAN-PT/Ak-PKP/M/III/2022 pada tanggal 1 Maret tahun 2022.